ปี พ.ศ. 2550 ได้ดำเนินการทุบอาคาร OPD เก่ารวมทั้งห้อง Lab ทั้งหมด (3 ชั้น) และตึก 8 (2 ชั้น) เพื่อเริ่มดำเนินการก่อสร้างอาคารสถาบันโรคหัวใจ (แห่งชาติ) และจัดพิธีวางศิลาฤกษ์อาคาร เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2551
โรคหัวใจขึ้น เพื่อช่วยส่งเสริมให้ผู้ป่วยหลังผ่าตัดหัวใจของสถาบันโรคทรวงอก มีความเข้มแข็งในการให้กำลังใจช่วยเหลือเกื้อกูลซึ่งกันและกัน และลดความวิตกกังวลในกลุ่มผู้ป่วยด้วยกัน
ปี พ.ศ. 2552 สถาบันโรคทรวงอกได้รับการรับรองคุณภาพโรงพยาบาล จากสถาบันพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล (พรพ.) เมื่อวันที่ 6 มีนาคม 2552 และกลุ่มงานพยาธิวิทยาได้รับการรับรองมาตรฐานงานเทคนิคการแพทย์ (LA) จากสภาเทคนิคการแพทย์ เมื่อวันที่ 17 มีนาคม 2552 ในปีเดียวกันได้เกิดการระบาดของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 เป็นการระบาดทั่วโลกของเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่ ชนิดเอ เอช 1 เอ็น 1 สายพันธุ์ใหม่ หรือโดยทั่วไปมักเรียกว่า "ไข้หวัดหมู" เริ่มพบการระบาดตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2552 สถาบันโรคทรวงอกจึงได้เปิดให้บริการห้องแยกเดี่ยวควบคุมความดัน Airborne Infectious Isolation Room (AIIR) จำนวน 2 ห้อง ที่ตึก 6/5 เพื่อควบคุมไม่ให้เชื้อโรคแพร่กระจายออกไปสู่สิ่งแวดล้อม และในวันที่ 23 ธันวาคม 2552 สถาบันโรคทรวงอก ได้รับผู้ป่วยส่งต่อทางเฮลิคอปเตอร์เป็นครั้งแรก
